彌陀區舊港口是阿公店溪出海口處，阿公店溪發源於高雄市田寮區及燕巢區交接境內的烏山頂（旗山區中寮西南方千秋寮、養女湖附近）全長三十八公里，流域面積一三七‧Ｏ七平方公里，是台灣主要河川之一，依水文流量全台排名第三十四。
目前彌陀區與永安區交界，原有大片的紅樹林，但自從民國七十三年九月中油公司在永安區新港里海域興建大專用港，和抽砂填海成面積七十五公頃的新生地，提供興建永安液化天然氣廠用地。大量抽沙與興建防波堤的結果，對彌陀海域之波浪狀況、漂砂遷移及地形變化造成嚴重的改變，加上每年夏季的西南海流及颱風所引起的大浪因受阻於南堤而造成反射影響，使得護岸南側四公里內的彌陀鄉發生海水倒灌及海灘沖失等現象。目前從濱海遊戲區的堤防（觀賞彌陀夕照的黃金海岸），你會發現彌陀的沿岸沙灘已經不見了，僅剩雜亂不協調的人工海堤與消波塊。
