預防漢他病毒最有效的方法：落實「不讓鼠來、不讓鼠住、不讓鼠吃」三不原則。
平時應留意環境中老鼠可能入侵的路徑，家中廚餘或動物飼料應妥善處理。
隨時做好環境清理，針對防火巷、排水設施（下水道、水溝蓋）、雜物堆、牆垣等鼠類族群活動熱區，加強捕鼠與滅鼠工作。
發現鼠類排泄物時，應先佩戴口罩、橡膠手套及打開門窗，並以市售漂白水1:9稀釋後（即1份市售漂白水加9份清水稀釋）潑灑於可能被污染的環境，待消毒作用5分鐘，再行清理。
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